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I dispositivi di memorizzazione NVDIMM: classificazione e vantaggi (Parte Seconda)
Analisi dei principali dispositivi di memorizzazione NVDIMM e delle loro caratteristiche.
Nella prima puntata, che potete trovare qui , vi abbiamo parlato dei principali dispositivi di memorizzazione e delle loro caratteristiche prestazionali, soffermandoci in particolare sulle NVDIMM (Non Volatile Dual in-line Memory Module), devices che vengono alloggiati negli slot comunemente usati per la memoria RAM, di cui abbiamo fornito una classificazione.
Continuiamo il nostro articolo ponendoci alcune domande: sono gli NVDIMM così performanti come dichiarato? Quanto è complicato il loro utilizzo?
Andiamo dunque alla ricerca delle risposte, partendo da alcune semplici verifiche di alto livello, rimandando, per ora, l’utilizzo in scenari applicativi reali e di grande interesse.
Configurazione dei moduli Intel DCPMM
La configurazione è piuttosto semplice e può avvenire tramite differenti strumenti: all’avvio del sistema, utilizzando l’utility per la configurazione del BIOS, avviando una UEFI shell, oppure usando appositi tool disponibili sia per Linux che per Windows.
Scegliamo l’ultima strada, essendo quella più indipendente dalla piattaforma sottostante; il management dei moduli avviene tramite due strumenti open-source: ipmctl (https://github.com/intel/ipmctl) e ndcrl (https://github.com/pmem/ndctl), che sono in genere inclusi nei repository delle principali distribuzioni Linux.
Possiamo verificare semplicemente la presenza di DCPMM sul sistema in esame, dotato in questo caso di 12 moduli da 256GB, e la loro collocazione negli slot dedicati:
[root@pmserver ~]# ipmctl show -topology
DimmID | MemoryType | Capacity | PhysicalID| DeviceLocator
==============================================================================
0x0011 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x0028 | CPU1_DIMM_B2
0x0021 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x002a | CPU1_DIMM_C2
0x0001 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x0026 | CPU1_DIMM_A2
0x0111 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x002e | CPU1_DIMM_E2
0x0121 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x0030 | CPU1_DIMM_F2
0x0101 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x002c | CPU1_DIMM_D2
0x1011 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x0034 | CPU2_DIMM_B2
0x1021 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x0036 | CPU2_DIMM_C2
0x1001 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x0032 | CPU2_DIMM_A2
0x1111 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x003a | CPU2_DIMM_E2
0x1121 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x003c | CPU2_DIMM_F2
0x1101 | Logical Non-Volatile Device | 252.4 GiB | 0x0038 | CPU2_DIMM_D2
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x0025 | CPU1_DIMM_A1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x0027 | CPU1_DIMM_B1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x0029 | CPU1_DIMM_C1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x002b | CPU1_DIMM_D1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x002d | CPU1_DIMM_E1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x002f | CPU1_DIMM_F1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x0031 | CPU2_DIMM_A1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x0033 | CPU2_DIMM_B1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x0035 | CPU2_DIMM_C1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x0037 | CPU2_DIMM_D1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x0039 | CPU2_DIMM_E1
N/A | DDR4 | 32.0 GiB | 0x003b | CPU2_DIMM_F1
Un altro utile comando ci fornisce informazioni sul loro utilizzo: inizialmente vedremo la capacità disponibile (3029 GiB, ovvero circa 3TiB), al momento non allocata:
[root@pmserver ~]# ipmctl show -memoryresources
Capacity=3029.4 GiB
MemoryCapacity=0.0 GiB
AppDirectCapacity=0.0 GiB
UnconfiguredCapacity=3029.4 GiB
InaccessibleCapacity=0.0 GiB
ReservedCapacity=0.0 GiBPossiamo ora assegnare la capacità a nostra disposizione per l’utilizzo tramite il memory mode o l’app direct mode, con l’interessante peculiarità di poterla ripartire tra le due modalità. Non occorre infatti allocare i moduli in maniera esclusiva.
Provisioning – memory mode
Creiamo un fat memory node, per l’elaborazione di un grande dataset o per la creazione di numerose macchine virtuali con buona dotazione di memoria, allocando tutta la capacità disponibile come memoria di sistema:
[root@pmserver ~]# ipmctl create -goal memorymode=100
The following configuration will be applied:
SocketID | DimmID | MemorySize | AppDirect1Size | AppDirect2Size
==================================================================
0x0000 | 0x0011 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0021 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0001 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0111 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0121 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0101 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1011 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1021 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1001 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1111 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1121 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1101 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
Do you want to continue? [y/n]
Created following region configuration goal
SocketID | DimmID | MemorySize | AppDirect1Size | AppDirect2Size
==================================================================
0x0000 | 0x0011 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0021 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0001 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0111 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0121 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0000 | 0x0101 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1011 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1021 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1001 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1111 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1121 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
0x0001 | 0x1101 | 252.0 GiB | 0.0 GiB | 0.0 GiB
A reboot is required to process new memory allocation goals.
Come ci viene ricordato, per impostare i DCPMM in memory mode occorre un reboot, attività che va dunque pianificata per non interrompere il workload del sistema. A reboot effettuato:
[root@pmserver ~]# ipmctl show -memoryresources
Capacity=3029.4 GiB
MemoryCapacity=3029. GiB
AppDirectCapacity=0.0 GiB
UnconfiguredCapacity= 0.0 GiB
InaccessibleCapacity=0.0 GiB
ReservedCapacity=0.0 GiB
Benchmarking – memory mode
Limitandoci ad un semplice test sintetico comunemente utilizzato in ambito High Performance Computing (STREAM memory benchmark https://www.cs.virginia.edu/stream/) possiamo condurre una rapida verifica delle prestazioni, eseguendolo prima sulle tradizionali DIMM, poi sulle NVDIMM.
Volatile DIMM:
# 1 thread per physical core
[root@pmserver stream]# export OMP_NUM_THREADS=48
[root@pmserver stream]# ./stream
-------------------------------------------------------------
STREAM version $Revision: 5.10 $
-------------------------------------------------------------
This system uses 8 bytes per array element.
-------------------------------------------------------------
Array size = 120000000 (elements), Offset = 0 (elements)
Memory per array = 915.5 MiB (= 0.9 GiB).
Total memory required = 2746.6 MiB (= 2.7 GiB).
Each kernel will be executed 100 times.
The *best* time for each kernel (excluding the first iteration)
will be used to compute the reported bandwidth.
-------------------------------------------------------------
Number of Threads requested = 48
Number of Threads counted = 48
-------------------------------------------------------------
Function Best Rate MB/s Avg time Min time Max time
Copy: 160374.9 0.012769 0.011972 0.016018
Scale: 129198.4 0.015654 0.014861 0.017818
Add: 148268.7 0.020355 0.019424 0.024177
Triad: 149501.8 0.020302 0.019264 0.024210
Non Volatile DIMM:
Utilizzando gli stessi parametri di esecuzione (1 thread per core fisico disponibile sul sistema, 48 in tutto, allocazione di 2,7 GiB):
-------------------------------------------------------------
Function Best Rate MB/s Avg time Min time Max time
Copy: 102722.9 0.020470 0.018691 0.022534
Scale: 122823.8 0.016362 0.015632 0.018160
Add: 135089.8 0.022264 0.021319 0.025406
Triad: 136973.9 0.021946 0.021026 0.025303
-------------------------------------------------------------
A prima vista le DCPMM sembrano avere performance significativamente inferiori, con un degrado delle prestazioni compreso tra il -36% della funzione Copy ed il -9% della funzione Triad, ma occorre tenere presente le differenti frequenze di funzionamento dei due tipi di memorie, le DCPMM oggetto del test supportano infatti 2666 MT/s, mentre i moduli tradizionali sono delle DDR4@2993. Pertanto, se confrontiamo le due tecnologie a parità di frequenza, possiamo affermare che le DCPMM hanno prestazioni in linea con i moduli di memoria tradizionali. Un’area di memoria 10 volte più grande (3029 GiB di NVDIMM contro 384 GiB di DDR4) avente prestazioni analoghe è un sogno che si avvera.
Diamo ora una rapida occhiata all’utilizzo in modalità storage, al fine di creare un veloce device a blocchi.
Provisioning – Storage over App Direct
Per creare un device a blocchi in maniera molto semplice possiamo utilizzare il seguente comando che allocherà a tale device tutta la capacità disponibile nei moduli connessi ad un socket (2 moduli da 128GB nel caso in esame):
[root@pmserver ~]# ndctl create-namespace -m fsdaxVerifichiamo l’avvenuta creazione del device, la sua capacità (256GB) ed il nome assegnato (pmem1):
[root@pmserver ~]# ndctl list -N
[
{
"dev":"namespace1.0",
"mode":"fsdax",
"map":"dev",
"size":266352984064,
"uuid":"5d0eb50d-6b79-4acb-b36e-32ac535ac440",
"sector_size":512,
"align":2097152,
"blockdev":"pmem1"
}
]Formattiamo e montiamo il device così creato:
[root@pmserver ~]# mkfs.xfs /dev/pmem1
meta-data=/dev/pmem1 isize=512 agcount=4, agsize=16256896 blks
= sectsz=4096 attr=2, projid32bit=1
= crc=1 finobt=0, sparse=0
data = bsize=4096 blocks=65027584, imaxpct=25
= sunit=0 swidth=0 blks
naming =version 2 bsize=4096 ascii-ci=0 ftype=1
log =internal log bsize=4096 blocks=31751, version=2
= sectsz=4096 sunit=1 blks, lazy-count=1
realtime =none extsz=4096 blocks=0, rtextents=0
[root@pmserver ~]# mount -o dax,noatime /dev/pmem1 /mnt/nvdimm
Benchmarking – Storage over App direct
Un semplice test, rappresentativo di uno casi più penalizzanti[1] in termini di prestazioni, ci conferma la bassa latenza di questi dispositivi, che si attesta attorno ai 6,05 us (microsecondi), un valore inferiore di alcuni ordini di grandezza degli usuali dispositivi SSD.
[root@pmserver ~]# fio --section=randwrite_8files ../worst_case.fio.job
randwrite_8files: (g=0): rw=randwrite, bs=(R) 4096B-4096B, (W) 4096B-4096B,
(T) 4096B-4096B, ioengine=libpmem,
iodepth=1
...
fio-3.18
Starting 4 processes
Jobs: 1 (f=1): [_(3),w(1)][96.2%][w=636MiB/s][w=163k IOPS][eta 00m:01s]
randwrite_8files: (groupid=0, jobs=4): err= 0: pid=231388: Tue Oct 13 14:55:43 2020
write: IOPS=422k, BW=1647MiB/s (1727MB/s)(40.0GiB/24873msec)
clat (usec): min=2, max=413, avg= 6.01, stdev= 2.74
lat (usec): min=2, max=413, avg= 6.05, stdev= 2.74
clat percentiles (nsec):
| 1.00th=[ 2448], 5.00th=[ 2992], 10.00th=[ 3312], 20.00th=[ 3856],
| 30.00th=[ 4320], 40.00th=[ 4512], 50.00th=[ 5088], 60.00th=[ 5856],
| 70.00th=[ 6944], 80.00th=[ 8256], 90.00th=[10048], 95.00th=[11456],
| 99.00th=[14016], 99.50th=[15040], 99.90th=[17536], 99.95th=[18816],
| 99.99th=[24448]
lat percentiles (nsec):
| 1.00th=[ 2480], 5.00th=[ 3024], 10.00th=[ 3376], 20.00th=[ 3888],
| 30.00th=[ 4320], 40.00th=[ 4576], 50.00th=[ 5088], 60.00th=[ 5920],
| 70.00th=[ 6944], 80.00th=[ 8256], 90.00th=[10048], 95.00th=[11456],
| 99.00th=[14016], 99.50th=[15040], 99.90th=[17536], 99.95th=[18816],
| 99.99th=[24448]
bw ( MiB/s): min= 1320, max= 3015, per=100.00%, avg=2178.24, stdev=149.69, samples=152
iops : min=338056, max=771888, avg=557629.57, stdev=38320.01, samples=152
lat (usec) : 4=23.50%, 10=66.24%, 20=10.22%, 50=0.03%, 100=0.01%
lat (usec) : 250=0.01%, 500=0.01%
cpu : usr=56.82%, sys=43.16%, ctx=909, majf=0, minf=10488802
IO depths : 1=100.0%, 2=0.0%, 4=0.0%, 8=0.0%, 16=0.0%, 32=0.0%, >=64=0.0%
submit : 0=0.0%, 4=100.0%, 8=0.0%, 16=0.0%, 32=0.0%, 64=0.0%, >=64=0.0%
complete : 0=0.0%, 4=100.0%, 8=0.0%, 16=0.0%, 32=0.0%, 64=0.0%, >=64=0.0%
issued rwts: total=0,10485760,0,0 short=0,0,0,0 dropped=0,0,0,0
latency : target=0, window=0, percentile=100.00%, depth=1
Run status group 0 (all jobs):
WRITE: bw=1647MiB/s (1727MB/s), 1647MiB/s-1647MiB/s (1727MB/s-1727MB/s),
io=40.0GiB (42.9GB), run=24873-24873msec
Disk stats (read/write):
pmem1: ios=0/0, merge=0/0, ticks=0/0, in_queue=0, util=0.00%Conclusioni
Gli Intel DCPMM, che di fatto costituiscono un’implementazione di NVDIMM-P, confermano le attese dimostrandosi in grado di poter fornire sia aree di memoria volatile di grandi dimensioni e con prestazioni paragonabili ai classici moduli di RAM, sia aree storage a blocchi con latenze inferiori ai migliori dispositivi SSD presenti sul mercato, inclusi quelli dotati di interfaccia NVME. Si prestano pertanto ad un’ampissima gamma di scenari applicativi con molti presupposti per ottenere risultati sorprendenti.
NOTE
1- parametri utilizzati nel FIO (https://github.com/axboe/fio) job file:
blocksize=4k
sync=1
direct=1
buffered=0
ioengine=libpmem
group_reporting=1
directory=/mnt/nvdimm/
lat_percentiles=1
iodepth=1
loops=10
[randread_8files]
rw=randread
filesize=1G
numjobs=4
[randwrite_8files]
rw=randwrite
filesize=1G
numjobs=4Archiviato in: HPC
