E4 collabora alla scoperta e progettazione di farmaci grazie allo sviluppo di infrastrutture HPC
La rivoluzione digitale che stiamo vivendo sta cambiando velocemente il mondo della ricerca industriale e di quella medica e farmaceutica in particolare.
L’implementazione dell’Intelligenza Artificiale (AI), del Machine Learning (ML), l’analisi di grandi quantità di dati e l’approssimarsi sempre di più alla scala di calcolo dell’Exaflops permettono di ridurre i rischi di investimento e i tempi in cui medicine personalizzate possono essere disponibili per un singolo paziente, in particolare nei settori neurodegenerativo, oncologico e delle malattie genetiche.
E4 è membro del progetto europeo LIGATE (https://www.ligateproject.eu/), che ha ricevuto finanziamenti da parte dell’European High-Performance Computing Join Undertaking nell’ambito del Grant Agreement No 956137 e dal MISE. LIGATE nasce con l’obiettivo di migliorare il cosiddetto “Computer-Aided Drug Design” (CADD), ovvero la progettazione di nuovi farmaci. Questo è possibile migliorando sia gli algoritmi, sia i metodi software utilizzati, coniugandoli in un’ottica di co-progettazione delle componenti hardware necessarie per massimizzare l’efficienza, al fine di poter sfruttare al meglio le attuali tecnologie di frontiera del calcolo e le risorse di supercalcolatori di tipo Exaflops che rappresentano la prossima generazione.
Gli obiettivi del progetto si possono riassumere come segue:
- Sviluppare una piattaforma software pronta per i sistemi di calcolo ad alte prestazioni (HPC) di tipo Exascale, allo scopo di rispondere prontamente alle future crisi pandemiche mondiali.
- Validare soluzioni CADD su nuovi problemi di interesse sociale.
- Validare le tecnologie introdotte nelle soluzioni CADD quali AI o ML per i casi di interesse.
E4 sarà impegnata nel co-design della soluzione finale, mettendo a disposizione dei partner del progetto, tramite il suo laboratorio, il know-how dello staff E4 e i prototipi su cui sviluppare e testare sin dalle prime fasi i software che verranno prodotti.
Questo in un’ottica di co-progettazione in cui l’esperienza di E4 dovrà fornire indicazioni su quali configurazioni permettano i risultati migliori in termini di “Time to Solution’ o di “Energy to Solution”.
Nel processo di co-progettazione gli attori principali sono gli sviluppatori che preparano il codice, gli ingegneri hardware che preparano il set up del cluster e i sistemisti che preparano l’ambiente di esecuzione con cui eseguire i benchmark. Ognuno di loro da’ feedback agli altri per trovare la miglior combinazione possibile che ottimizzi i risultati.
Per E4 è fondamentale partecipare al progetto, non solo per acquisire le competenze e le soluzioni che saranno sviluppate nel settore farmacologico, ma anche per stringere e rinsaldare i legami con gli altri partner e per il valore etico di questa ricerca in un momento storico dove siamo stati tutti colpiti dagli effetti del COVID e possiamo capire tutti in prima persona cosa significa avere una cura.
Se vuoi approfondire, ascolta l’intervista condotta da Chelonia Applied Science al nostro Scientific Coordinator, Daniele Gregori, che ci spiega più in dettaglio il ruolo di E4 all’interno del progetto.
Per maggiori informazioni contattaci o vai sul sito https://www.ligateproject.eu/
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