Success stories
#whenperformancematters
Dompè
SFRUTTARE LA TECNOLOGIA PER ACCELERARE LA SCOPERTA DI NUOVI FARMACI
Exscalate Tangible Chemical Space
La richiesta
Progettare e integrare un sistema in grado di immagazzinare e gestire in modo agile le enormi quantità di informazioni indispensabili a rendere efficace l’intero processo che porta alla drug discovery come suo risultato finale. L’obiettivo finale era garantire risultati incredibilmente rapidi in una libreria di trilioni di potenziali strutture chimiche. I database tradizionali non erano in grado di fornire risposte valide in termini di dimensioni, prestazioni e requisiti; lo stesso valeva anche per i nuovi database non tradizionali perché rivolti principalmente a dati non strutturati.
La soluzione
STORAGE CLUSTER (4 x NODES) | MinIO SW MANAGED S3 STORAGE LAYER + GPU CHEMICAL CARTRIDGE
APPLICAZIONE
L’infrastruttura realizzata dà vita al TCS – Tangible Chemical Space, la più grande libreria di ligandi virtuali al mondo, in grado di abbattere significativamente i tempi per l’identificazione di principi attivi idonei alla produzione di nuovi farmaci.
KNOW-HOW
Competenza progettazione di cluster HPC con esperienza nella implementazione di componenti ad alte prestazioni inclusi nodi GPU, connessioni Mellanox NVIDIA, MariaDB ColumnStore; utilizzo di compilatori Intel, configurazione del nodo di gestione, esperienza nel cluster management e nel supporto specialistico di infrastrutture complesse.
VANTAGGI
In passato testare interazioni tra ligandi e target terapeutico all’interno di un dataset contenete trilioni di molecole, avrebbe comportato mesi di lavoro che grazie al nuovo TCS sono stati abbattuti nell’ordine di pochi minuti di elaborazione.
La rappresentazione digitale di miliardi di molecole permette di simulare in silico abbinamenti vitali per indirizzare i passaggi successivi della ricerca e abbattere i tempi necessari tra la fase di studio e il risultato utile: il processo completo per il rilascio di un nuovo farmaco è accelerato così dell’80%.
Grazie alla nuova infrastruttura con capacità ed efficienza di diversi ordini di grandezza superiore a quanto disponibile precedentemente nel mercato, Exscalate è in grado di identificare in brevissimo tempo i principi attivi per combattere malattie quali il Covid.
Dompé farmaceutici, azienda biofarmaceutica globale con una storia di 130 anni di innovazione medica, nasce come primo laboratorio di produzione farmaceutica a Milano e nel tempo diventa un’azienda internazionale attiva nel settore della primary care e dei prodotti biofarmaceutici. Il dipartimento di ricerca e sviluppo dell’azienda sta sfruttando Exscalate, una piattaforma di screening virtuale sviluppata in collaborazione con il CINECA (Consorzio Interuniversitario per il Calcolo Automatico dell’Italia Nord Orientale) e il Politecnico di Milano e attualmente una delle più potenti piattaforme di supercalcolo e intelligenza artificiale. La piattaforma è al centro della strategia R&D di Dompé sia per iniziative internazionali che per progetti industriali.
Dompé impiega più di 800 dipendenti in tutto il mondo e mantiene un hub per le operazioni commerciali negli Stati Uniti nella San Francisco Bay Area, nonché una presenza di ricerca e sviluppo a Boston. Grazie alla stretta collaborazione con i suoi partner tecnologici, Dompé ha messo in campo un processo di ottimizzazione e design su misura che ha permesso di ottenere prestazioni e risultati sorprendenti nella gestione di un database in grado di memorizzare diversi trilioni di molecole.
